為了規范稅務行政許可行為，保護納稅人合法權益，國家稅務總局發出《關于實施稅務行政許可若干問題的通知》，從2004年7月1日起，納稅人在申請稅務行政許可以及在稅務行政許可審查過程中依法享有以下權利：
　　一、要求公示的權利。該通知在稅務行政許可的實施程序第（一）項內容中規定，稅務機關應當將有關行政許可的事項、依據、條件、數量、程序、期限以及需要提交的全部材料的目錄和申請書示范文本等在辦稅服務廳或其他辦公場所公示。
　　二、委托申請的權利。該通知在稅務行政許可的實施程序第（二）項內容中規定，申請人可以委托代理人提出申請，稅務機關不得因此拒絕受理。
　　三、通過信函等方式提出申請的權利。該通知在稅務行政許可的實施程序第（二）項內容中還規定，有條件的地方，稅務機關可以告知申請人通過信函、電報、電傳、傳真、電子數據交換、電子郵件等方式提出申請。
　　四、要求即時告知的權利。該通知在稅務行政許可的實施程序第（三）項第（1）條中規定，如果申請事項屬于稅務機關管轄范圍，但不需要取得稅務行政許可，應當即時告知申請人不受理，同時告知其解決的途徑。
　　五、要求當場書面作出決定的權利。該通知在稅務行政許可的實施程序第（三）項第（2）條中規定，申請事項依法不屬于本機關職權范圍的，應當當場書面作出不予受理的決定，并告知申請人向有關行政機關申請。
　　六、允許當場更正的權利。該通知在稅務行政許可的實施程序第（三）項第（3）條中規定，申請人申請材料存在可以當場更正的錯誤的，應當告知并允許申請人當場更正。
　　七、要求一次性告知的權利。該通知在稅務行政許可的實施程序第（三）項第（3）條中還規定，申請材料不齊全或者不符合法定形式的，應當當場或者在五日內一次告知申請人補正的全部內容，逾期不告知的，自收到材料之日起即為受理。
　　八、審查時允許陳述和申辯的權利。該通知在稅務行政許可的實施程序第（四）項內容中規定，稅務機關審查許可申請過程中發現許可事項直接關系他人重大利益的，應當告知利害關系人。申請人、利害關系人有權進行陳述和申辯，稅務機關應當認真聽取申請人、利害關系人的意見。
　　九、依法申請行政復議或者提起行政訴訟的權利。該通知在稅務行政許可的實施程序第（五）項內容中規定，作出不予許可的決定，應當出具加蓋本機關印章（或許可專用章）的不予許可決定書，并應當說明理由，告知申請人享有申請行政復議或提起行政訴訟的權利。
　　十、不交費的權利。該通知在實施稅務行政許可的費用第（一）項內容中規定，實施稅務行政許可不得收取任何費用，但法律行政法規另有規定的除外。