會計報表審計與納稅審核都是利用企業的會計信息，對企業的各種報表進行審核，注冊會計師和注冊稅務師根據不同的目的出具年度查賬報告或納稅審核報告。也就是說，在實際操作中，兩者的業務性質相似，技術上也有許多相同點，但兩者也存在較大的差異。 
　　1.審計關注的側重點不同。會計報表審計主要是對資產負債表、損益表及現金流量表的審計。其關注的重點是會計主體是否遵循了國家的有關會計制度、準則，是否全面、總括地反映會計實體在一定時期內財務狀況、經營成果和理財過程，即關注其真實性、充分性以及報表的公允性等。納稅審核的重點在于關注納稅人在一定時期內是否遵循了稅法規定，按時定期足額繳納了各種稅款。 
　　2.審計的標準不同。會計報表審計的標準是“重要性”與“公允性”。在對會計報表進行審計時，注冊會計師按審計準則執行獨立審計業務，只要被審計單位的會計報表符合公允性、一貫性標準，會計報表中錯漏的嚴重程度不致影響到會計報表使用者的判斷或決策時，注冊會計師就可以出無保留意見的審計報告。注冊稅務師納稅審核的標準是“合法性”，同時符合“準確性”標準。從執行法律的嚴肅性方面而言，注冊稅務師進行納稅審核必須保證“萬無一失”，單從這一層面上去理解，在進行納稅審核時，只要納稅人正確交納了稅款，納稅審查人員就無須承擔什么責任了。這和會計報表審計有很大的區別。 
　　3.對或有事項審計時的不同。或有事項是指過去的交易或事項形成的一種狀況，其結果須通過未來不確定事項的發生或不發生予以證實，是一種具有較大不確定性的經濟事項，比如未決訴訟、債務擔保、產品質量保證、票據貼現和背書轉讓等。或有事項對企業潛在的財務影響究竟有多大，企業因此而承擔的風險又究竟有多大，都有必要通過企業的會計報表或會計報表附注予以反映，使會計報表使用者能夠獲得真實、充分、詳細的信息，幫助其進行正確的分析、判斷。所以，承擔企業會計報表審計責任的注冊會計師對被審計單位發生的或有事項應當給予必要的關注。而根據現行稅法，納稅審查時是無須考慮或有事項的，可以忽略或減輕對或有事項關注的程度，因此，在納稅審核報告中，或有事項是無須披露的。 
　　4.對期后事項審計時的不同。期后事項很可能會改變注冊會計師對被審計單位會計報表公允性的意見，所以注冊會計師必須對期后事項予以充分關注。根據期后事項對被審計單位會計報表公允性的影響，有兩種事項需提請被審計單位管理者考慮，一是能為資產負債表日已存在情況提供補充證據的事項，這類事項需提請被審計單位調整會計報表；二是雖不影響會計報表金額，但可能影響對會計報表正確理解的事項，這類事項需提請被審計單位披露。比如資產負債表中被審計單位認為可以收回的大額應收款項，因資產負債表日后債務人突然破產而無法收回，在這種情況下，債務人財務狀況顯然早已惡化。所以，注冊會計師應考慮提請被審計單位增加預提壞賬金，調整會計報表有關項目的數額。而根據現行稅法，在進行納稅審查出具納稅審查報告時，可以完全不予理會或披露。對第二類應予披露的期后事項，比如被審計單位合并、應付債券的提前兌付、所持用于短期投資和轉賣的證券市價嚴重下跌、發行債券或權益證券、由于政府禁止繼續銷售某種產品所造成的存貨市價下跌、需要為新的養老保險金計劃在近期支付大筆現金、偶然性的大筆損失等都不影響當期的納稅審查結論。 
　　5.對持續經營假設審計的不同。在非持續經營下的會計核算與持續經營下的會計核算存在本質的區別：一是在持續經營情況下，財務會計的目標是公允地反映企業的財務狀況，經營成果及現金流量，而當企業處于清算過程或大幅度縮減經營規模時，其業務活動主要是清理、變賣財產、清償債務和分配剩余財產，因此，其會計目標是如實反映財產變現和債務清償情況。二是在非持續經營情況下的會計原則也不同于持續經營情況下的會計原則，其會計原則主要是收付實現制原則、變現價值原則等基本原則。三是由于非持續經營情況下會計信息的使用者及其對信息的需求與持續經營情況下存在著較大的差異，因而對被審計單位持續經營的關注是非常重要的，甚至影響報告的類型及格式。對于納稅審查，其關注程度則非常有限，主要關注銷售價格、資產處置價格及稅收優惠政策的適用性。