取證難。證據(jù)是稽查辦案的關(guān)鍵所在，證據(jù)充分又是稽查工作中的重點和難點，個體稅收稽查取證難首先體現(xiàn)在個體、私營業(yè)戶建賬健制滯后。現(xiàn)行征管中，除少數(shù)納稅人被認(rèn)定為增值稅一般納稅人的個體、私營業(yè)戶建賬健制外，絕大多數(shù)個體、私營業(yè)戶均未建復(fù)式賬或簡易賬。這給稽查工作帶來了諸多不便，如無原始記賬憑證，對于納稅人購進(jìn)商品或原材料、燃料以及生產(chǎn)銷售情況難以把握，有的購進(jìn)和銷售對象無法或難以查找、數(shù)據(jù)難以核對，給取證工作帶來極大的困難。其次，稽查局或稅偵中隊無搜查權(quán)，致使納稅人收到稅務(wù)稽查通知書后大大方方地轉(zhuǎn)移有關(guān)證據(jù)資料，嚴(yán)重制約了稽查部門打擊偷、騙、抗稅行為。再次，被稽查過的或有經(jīng)驗的個體、私營業(yè)戶采取用假名或現(xiàn)金交易的方式經(jīng)營，造成稽查工作無法取證。
　　定性難。目前，對未建賬健制的個體、私營業(yè)戶采取定期定額征稅的辦法，個體、私營業(yè)戶按照核定的稅款按月“定額”申報，有的征管機(jī)關(guān)為了提高申報率甚至由稅務(wù)干部“代理”申報。稽查部門查出問題后，納稅人以不是我申報的或者以稽查時段不同、經(jīng)營規(guī)模大小不一、有時銷售收入及稅款低于稅務(wù)部門核定的銷售收入及稅款為由，或者以稽查部門查出問題未超過稅收征管部門核定稅款一定的比例等理由，提出不同的意見，造成查補的稅款定性偷稅難的局面。
　　處罰難。自2001年5月1日新《稅收征管法》及2002年10月15日《稅收征管法實施細(xì)則》實施以來，《稅收征管法》、《稅收征管法實施細(xì)則》只是規(guī)定了對偷稅行為處罰的最高限額和最低限額，沒有針對納稅人違法事實、違法手段、違法性質(zhì)、造成的后果、社會影響程度等作出具體的處罰規(guī)定，其他稅收法律、法規(guī)、規(guī)章也沒有作出有關(guān)具體規(guī)定，致使在個體稅收稽查中對納稅人的偷稅行為的處罰存在隨意性。如果處罰過重，納稅人承受不起，在社會上起到負(fù)面作用；如果處罰過輕，又起不到震懾作用，造成稽查部門對納稅人偷稅行為的處罰處在高低兩難的地步。
　　執(zhí)行難。個體稅收稽查案件執(zhí)行難第一表現(xiàn)在一些個體、私營業(yè)戶流動性比較大，稅務(wù)稽查部門連稅務(wù)處理（處罰）決定書等稽查文書都難以送達(dá)，更談不上稽查案件的執(zhí)行。第二，對個別被執(zhí)行人逃避執(zhí)行的行為無法實施有效監(jiān)控。有的被執(zhí)行人挖空心思，采取公開賬戶空掛，轉(zhuǎn)移財產(chǎn)等手段逃避執(zhí)行。第三，依法義務(wù)協(xié)助、配合稅務(wù)機(jī)關(guān)行使執(zhí)行的個別部門和機(jī)構(gòu)存在消極應(yīng)付的現(xiàn)象。如有的金融機(jī)構(gòu)為了贏得客戶信賴，吸引個體、私營業(yè)戶多來立戶，公開承諾為立戶者保密，保證不向任何機(jī)關(guān)透露信息，致使稅務(wù)機(jī)關(guān)難以進(jìn)行依法查詢。第四，政府和有關(guān)部門為了引進(jìn)外資，優(yōu)化經(jīng)濟(jì)環(huán)境，對涉及一些外商、下崗職工的案件施加壓力，影響稅務(wù)案件的執(zhí)行。