協議出讓方式取得土地使用權后再轉讓業務，是指房地產開發企業未按照正常程序，從事房地產開發和經營，協議出讓方式取得開發用地后再轉讓的業務活動。
　　在2002年7月1日以前，國家尚未推行土地儲備制度，土地一級市場交易方式主要是通過協議出讓方式。房地產開發企業在協議出讓土地方式下，會出現兩種特殊交易情況：一是應登記未登記而未取得土地使用權證書。由于種種原因，開發商在協議出讓方式取得土地后，未按規定的程序繳納出讓金，辦理土地使用權登記手續。這項交易的特點是開發商能辦登記卻不辦登記，造成取得了不完整的土地使用權。二是申請登記不能登記而未取得土地使用權證書。開發商協議出讓方式剛剛取得土地，由于政策變化，國家停止辦理土地使用權登記手續。這項交易特點是開發商想辦登記因停辦登記，造成取得了不完整的土地使用權。
　　交易的共同點是：開發商取得的不完整土地使用權，必須通過“招、拍、掛”程序，取得完整土地使用權或轉讓土地使用權。
　　納稅主體認定的形式和實質條件
　　房地產特殊開發業務納稅主體的認定條件，一是形式條件，是指土地使用權出讓協議、付款結算單證、收款收據發票等書面形式證據；二是實質條件，是指受讓人對土地使用權取得直接支配的物權，換句話說，是指受讓人對土地使用權享有占有、使用、收益、處分的權利。這項物權是限定物權，是他物權，是不動產物權，是用益物權。
　　出讓協議解決了土地使用權的流轉關系問題。開發商對以協議方式取得的土地，從實質上講，就是取得該項土地的物權。這項物權解決了兩個實質問題，一是土地使用權的歸屬，二是土地使用權的利用。盡管開發商沒有取得土地使用權證書，但是這并不能改變開發商實質上已擁有土地支配權的事實，根據實質重于形式的原則，對于以協議出讓方式取得土地使用權后再轉讓的開發商，應確認為土地增值稅的納稅主體。
　　納稅主體認定的交易條件
　　協議出讓方式取得開發用地后，通過“招、拍、掛”方式或其他方式再次轉讓的特殊交易開發商，是否認定為土地增值稅納稅主體，還應注意以下的交易條件。
　　（一）交易行為，該開發商是有轉讓行為的主體
　　發生了轉讓國有土地使用權、地上建筑物及其附屬物行為的單位和個人。土地增值稅對轉讓行為征稅；對出讓、出租等非轉讓行為不征稅。
　　該開發商協議出讓方式取得開發用地后再轉讓土地使用權，是該開發商從政府手中取得土地使用權或從其他土地使用者手中取得土地使用權后，將土地使用權再轉讓給其他土地使用單位或個人的行為。該行為，屬于土地增值稅的應稅行為。
　　（二）交易客體，該開發商轉讓的是國有土地使用權
　　土地增值稅對轉讓國有土地使用權征稅，轉讓非國有土地使用權不征稅。國有土地是指由法律規定屬于國家所有的土地。對集體土地，按照現行規定，應先由國家征用后才能轉讓。
　　該開發商協議出讓方式取得開發用地后再轉讓土地使用權，是轉讓國有土地權的行為。該行為，屬于土地增值稅的應稅行為。
　　（三）交易結果，該開發商取得土地使用權轉讓增值收入
　　取得國有土地使用權、地上的建筑物及其附著物轉讓增值收入的單位和個人轉讓房地產的，對轉讓后取得的增值收入征稅。
　　該開發商協議出讓方式取得開發用地后再轉讓土地使用權，轉讓后，取得了增值收入，就應繳納土地增值稅。