一、以企業合并方式取得存貨的初始計量
以企業合并方式取得的存貨，包括同一控制下的吸收合并和新設合并，以及非同一控制下的吸收合并和新設合并兩種方式。
（1）同一控制下企業合并方式取得存貨的初始計量
《企業合并準則》規定，合并方在企業合并中取得的資產和負債，應當按照合并日在被合并方的賬面價值計量。合并方取得的凈資產賬面價值與支付的合并對價賬面價值（或發行股份面值總額）的差額，應當調整資本公積（資本溢價）；資本公積（資本溢價）不足沖減的，調整留存收益。購買方為進行企業合并發生的各項直接相關費用計入當期損益。
（2）非同一控制下企業合并方式取得存貨的初始計量
《企業合并準則》規定，非同一控制下的企業合并，合并方按取得被購買方可辯認資產、負債及或有負債的公允價值計量。購買方在購買日對作為企業合并對價付出的資產、發生或承擔的負債應當按照公允價值計量，公允價值與其賬面價值的差額，計入當期損益。購買方為進行企業合并發生的各項直接相關費用也應當計入企業合并成本。購買方對合并成本大于合并中取得的被購買方可辨認凈資產公允價值份額的差額，應當確認為商譽。合并成本小于合并中取得的被購買方可辨認凈資產公允價值份額的，其差額應當計入當期損益（營業外收入）。
二、以企業合并方式取得存貨計稅成本的確定
依據國稅發〔2000〕119號（內企）規定，企業吸收合并或新設合并改組的所得稅處理有兩種情形，如果合并企業向被合并企業的股東支付的對價中，非股權支付額（除合并企業股權以外的現金、有價證券、存貨、固定資產等資產）不高于所支付的股權票面價值（或支付的股本的賬面價值）20%的，經稅務機關審核確認，被合并方可以選擇應稅和免稅兩種方式處理。如果超過20%，必須按應稅改組處理。免稅改組是指，被合并企業不確認全部資產的轉讓所得或損失，不計算繳納所得稅。合并企業接受被合并企業全部資產的計稅成本，須以被合并企業原賬面凈值為基礎確定。應稅改組是指，被合并企業應視為按公允價值轉讓、處置全部資產，計算資產的轉讓所得，依法繳納所得稅。合并企業接受被合并企業的有關資產，計稅時可以按經評估確認的價值確定成本。
由此可見，同一控制下企業合并方式取得的存貨，如果符合免稅改組的條件，并且納稅人向稅務機關申請選擇免稅改組，其會計成本與計稅成本相同。如果屬于應稅改組，則合并方取得存貨的計稅成本應按公允價值確定，而會計成本是以被合并方的原賬面價值確定的。
非同一控制下企業合并方式取得的存貨，如果符合免稅改組的條件，并且納稅人向稅務機關申請選擇免稅改組，其計稅成本應以被合并方的原賬面價值確定，而會計成本是以合并日的公允價值確定。如果屬于應稅改組，其會計成本與計稅成本一致，均以合并日的公允價值確定。
此外，在非同一控制下企業合并方式中，購買方為進行企業合并發生的各項直接相關費用（評估費、咨詢費等）應當計入取得資產的成本。由于企業合并方式取得的資產包括存貨、固定資產等多項資產，通常按照每項資產的公允價值占總資產公允價值的比例對直接相關費用進行合理分配。稅法中對這類費用是允許在當期直接扣除的，由此也導致存貨的會計成本與計稅成本存在差異。
在按上述原則確定存貨會計成本與計稅成本的差額金額后，納稅人可以依據財稅〔1998〕50號文件規定，書面向稅務機關申請，采用綜合調整法按10年期限平均調整應納稅所得額。
以上適用于內資企業的合并改組。依據國稅發〔1997〕71號規定，現行外資企業合并業務均適用免稅改組辦法。《企業所得稅法》施行后，按照新的辦法執行。
以合并方式取得固定資產、無形資產的會計成本與計稅成本的差異和處理比照上述方法處理。
