2009年1月4日，國家稅務總局下發了《關于企業工資薪金及職工福利費扣除問題的通知》（國稅函〔2009〕3號以下簡稱《通知》）就企業工資薪金和職工福利費扣除有關問題進行了明確，并自2008年1月1日起執行。
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　　一、明確界定了合理工資薪金的問題 

　　《通知》第一條規定，《實施條例》第三十四條所稱的“合理工資薪金”，是指企業按照股東大會、董事會、薪酬委員會或相關管理機構制訂的工資薪金制度規定實際發放給員工的工資薪金。稅務機關在對工資薪金進行合理性確認時，可按以下原則掌握： 

　　（一）企業制訂了較為規范的員工工資薪金制度； 

　　（二）企業所制訂的工資薪金制度符合行業及地區水平； 

　　（三）企業在一定時期所發放的工資薪金是相對固定的，工資薪金的調整是有序進行的； 

　　（四）企業對實際發放的工資薪金，已依法履行了代扣代繳個人所得稅義務； 

　　（五）有關工資薪金的安排，不以減少或逃避稅款為目的。 

　　從上述稅務機關對合理工資薪金的判斷需把握五大原則來看，客觀上就要求企業必須建立健全規范的內部工資薪金管理制度；同時還要考慮當地同行業職工平均工資水平；明確內部工資發放標準和程序；每次工資調整都要有案可查、有章可循。特別強調是對每一筆工資薪金支出，都應及時、足額扣繳個人所得稅。 

　　二、明確界定了工資薪金總額問題 

　　《通知》第二條規定，《實施條例》第四十、四十一、四十二條所稱的“工資薪金總額”，是指企業按照本通知第一條規定實際發放的工資薪金總和，不包括企業的職工福利費、職工教育經費、工會經費以及養老保險費、醫療保險費、失業保險費、工傷保險費、生育保險費等社會保險費和住房公積金。屬于國有性質的企業，其工資薪金，不得超過政府有關部門給予的限定數額；超過部分，不得計入企業工資薪金總額，也不得在計算企業應納稅所得額時扣除。 

　　也就是說工資薪金總額必須是實際發放，實際發放的工資薪金總和，不包括“三費”、“五險”、“一金”；但不合理的工資薪金既使實際發放也不得扣除，國有性質的企業超過政府有關部門給予的限定數額部分的工資薪金。因為超標的工資薪金本身不得計入企業“工資薪金總額”之中，所以也不得在計算企業應納稅所得額時扣除。 

　　三、明確界定了職工福利費扣除問題 

　　《通知》第三條規定，《實施條例》第四十條規定的企業職工福利費，包括以下內容： 

　　（一）尚未實行分離辦社會職能的企業，其內設福利部門所發生的設備、設施和人員費用，包括職工食堂、職工浴室、理發室、醫務所、托兒所、療養院等集體福利部門的設備、設施及維修保養費用和福利部門工作人員的工資薪金、社會保險費、住房公積金、勞務費等。 

　　（二）為職工衛生保健、生活、住房、交通等所發放的各項補貼和非貨幣性福利，包括企業向職工發放的因公外地就醫費用、未實行醫療統籌企業職工醫療費用、職工供養直系親屬醫療補貼、供暖費補貼、職工防暑降溫費、職工困難補貼、救濟費、職工食堂經費補貼、職工交通補貼等。 

　　（三）按照其他規定發生的其他職工福利費，包括喪葬補助費、撫恤費、安家費、探親假路費等。 

　　四、明確界定了職工福利費核算問題 

　　《通知》第四條規定，企業發生的職工福利費，應該單獨設置賬冊，進行準確核算。沒有單獨設置賬冊準確核算的，稅務機關應責令企業在規定的期限內進行改正。逾期仍未改正的，稅務機關可對企業發生的職工福利費進行合理的核定。也就是說對企業每次發生福利費開支，都必須單獨設置賬冊，并進行準確核算。