合伙企業以每一合伙人為納稅義務人。合伙企業合伙人是自然人的，按照“個體工商戶的生產、經營所得”項目繳納個人所得稅；合伙人是法人或其他組織的，由法人或其他組織繳納企業所得稅。
　　《財政部、國家稅務總局關于合伙企業合伙人所得稅問題的通知》（財稅〔2008〕159號）規定，合伙企業生產經營所得和其他所得采取“先分后稅”的原則。具體應納稅所得額的計算按照《關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定》（財稅〔2000〕91號）及《財政部、國家稅務總局關于調整個體工商戶、個人獨資企業和合伙企業個人所得稅稅前扣除標準有關問題的通知》（財稅〔2008〕65號）的有關規定執行。
　　合伙企業的利潤無論是否分配，均需在年末辦理匯算清繳，計算應納稅所得額。合伙企業的虧損，不得沖減法人的生產經營所得，而應由合伙企業用以后5年的稅前所得彌補，合伙企業應納稅所得額大于零的，合伙企業的合伙人按照下列原則確定應納稅所得額：
　　1.合伙企業的合伙人以合伙企業的生產經營所得和其他所得，按照合伙協議約定的分配比例確定應納稅所得額。
　　2.合伙協議未約定或者約定不明確的，以全部生產經營所得和其他所得，按照合伙人協商決定的分配比例確定應納稅所得額。
　　3.協商不成的，以全部生產經營所得和其他所得，按照合伙人實繳出資比例確定應納稅所得額。
　　4.無法確定出資比例的，以全部生產經營所得和其他所得，按照合伙人數量平均計算每個合伙人的應納稅所得額。
　　合伙協議不得約定將全部利潤分配給部分合伙人。
　　法人企業作為合伙企業出資人的，在申報所得稅時對合伙企業歸屬于本企業的應納稅所得額，作納稅調增處理。
　　合伙企業對外投資取得的利息、股息、紅利所得，不并入合伙企業的生產經營所得，而應當按照上述分配原則進行分配，其中屬于自然人合伙人應得的利息、股息、紅利所得，由支付的單位負責代扣代繳個人所得稅，屬于法人合伙人應得的利息所得，并入法人當年的生產經營所得總額征稅。屬于法人合伙人的股息、紅利所得，并入法人當年的收入總額，按照股息、紅利所得的有關規定處理。
　　實行查賬征收方式的合伙企業，以每一納稅年度的收入總額，減除成本、費用以及損失后的余額，為應納稅所得額。
　　在計算合伙企業生產經營所得的應納稅所得額時，除了要注意收入、支出的各個方面是否真實準確外，應特別注意：1.合伙企業是否嚴格按照權責發生制原則確定其收入和支出；2.合伙企業自然人業主的費用扣除標準是否超過稅法規定標準，合伙企業從業人員的工資是否據實扣除；3.合伙企業在生產、經營期間借款的利息支出的扣除，是否具有合法證明，是否超出金融機構同類、同期貸款利率計算的數額；4.合伙企業購置稅控收款機的支出，是否按照省、自治區、直轄市地方稅務局確定的期限進行扣除；5.合伙企業發生的與生產經營有關的財產保險、運輸保險以及從業人員的養老、醫療及其他保險費用支出，是否按國家有關規定標準計算扣除；6.合伙企業的公益性捐贈支出是否超過了稅法規定的標準；7.合伙企業的年度經營虧損，是否按照規定進行了彌補。
　　凡實行查賬征收辦法的，生產經營所得按照《個體工商戶個人所得稅計稅辦法（試行）》的規定確定。但下列項目的扣除依照以下規定執行：
　　1.從2008年3月1日起，對合伙企業的自然人業主費用扣除標準統一確定為24000元/年（2000元/月）。2008年1月~2月，業主費用扣除標準仍然執行1600元/月。
　　2.業主的工資薪金支付不得扣除。從2008年1月1日起，合伙企業向其從業人員實際支付的合理的工資、薪金支出，允許在稅前據實扣除。
　　3.從2008年1月1日起，合伙企業撥繳的工會經費、發生的職工福利費、職工教育經費支出分別在工資、薪金總額2%、14%、2.5%的標準內據實扣除。
　　4.從2008年1月1日起，合伙企業每一納稅年度發生的廣告費和業務宣傳費用不超過當年銷售（營業）收入15%的部分，可據實扣除；超過部分，準予在以后納稅年度結轉扣除。
　　5.從2008年1月1日起，合伙企業每一納稅年度發生的與其生產經營業務直接相關的業務招待費支出，按照發生額的60%扣除，但最高不得超過當年銷售（營業）收入的5‰。
　　6.投資者及其家庭發生的生活費用不允許在稅前扣除。投資者及其家庭發生的生活費用與企業生產經營費用混合在一起，并且難以劃分的，全部視為投資者個人及其家庭發生的生活費用，不允許在稅前扣除。
　　7.企業生產經營和投資者及其家庭生活共用的固定資產難以劃分的，由主管稅務機關根據企業的生產經營類型、規模等具體情況，核定準予在稅前扣除的折舊費用的數額或比例。
　　8.企業計提的各種準備金不得扣除。
　　對合伙企業實行核定征收方式的，應當按照《財政部、國家稅務總局關于個人獨資企業和合伙企業投資者征收個人所得稅的規定》（財稅〔2000〕91號）規定的方法計算應納稅所得額，其中實行核定應稅所得率征收方式的，應納所得稅額的計算公式如下：
　　應納所得稅額＝應納稅所得額×適用稅率
　　應納稅所得額＝收入總額×應稅所得率
　　或，應納稅所得額＝成本費用支出額÷(1－應稅所得率)×應稅所得率。