《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009] 59號）中的特殊重組與一般重組對應于《國家稅務總局關于企業股權投資業務若干所得稅問題的通知》（國稅發[2000]118號）和《國家稅務總局關于企業合并分立業務有關所得稅問題的通知》（國稅發[2000]119號）中的免稅改組和應稅改組。由于企業改組會涉及大額資產或股權交易行為，并且這種交易行為的結果大都是非現金資產的置換，如果要求對此征稅，勢必會阻礙企業改組。因此，稅法需耍設定特殊的“免稅改組”政策。所謂“免稅改組”，不是給予有關公司或自然人股東一個最終的稅收優惠，而只是從征稅角度使企業改組“中性化”，以使各方在稅收上既未得到好處，也無任何不利，改組與未改組一樣。在改組時不征稅，在改組資產受讓公司的應稅利潤以改組前存在于目標公司的稅收因素為基礎計算。由于“免稅改組”并非真正意義上的免稅，而是給予交易主體遞延納稅的權利，因此《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）中采用了“特殊重組”一詞，使其更符合稅法精神。




《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）第六條第二款規定：“股權收購，收購企業購買的股權不低于被收購企業全部股權的75%，且收購企業在該股權收購發生時的股權支付金額不低于其交易支付總額的85%，收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，以被收購股權的原有計稅基礎確定”。

筆者認為，特殊重組下，收購企業取得被收購企業股權的計稅基礎，應當以其公允價值為基礎確定。如果以被收購股權的原有計稅基礎確定，勢必造成特殊重組與一般重組的最終結果不一致，從而導致特殊重組多納企業所得稅。分析如下：

根據《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）對股權支付的定義，股權收購重組有兩種方式：

第一，以收購方本企業的股權作為對價收購目標公司（被收購方）的股權。這種重組方式從收購方的角度看，就是我們常說的發行股份、定向增發、接受投資。對轉讓方（被收購方的股東）來說，其實質就是對外投資業務，即，以其持有的目標公司股權對收購方增資擴股。

 例如，甲公司以本企業20％的股權（公允價6000萬元）作為對價，收購乙公司持有的M公司80％的股權（計稅基礎1000萬元，公允價值6000萬元）。按一般重組對待，乙公司應確認股權轉讓所得5000萬元（6000 -1000)。乙公司取得甲公司20%股權的計稅基礎為6000萬元。甲公司取得M公司80％的股權（屬于接受投資的非貨幣性資產）應按公允價值6000萬元作為計稅基礎。

 由于上述股權收購業務符合特殊重組條件，乙公司可暫不確認股權轉讓所得，相應地，乙公司取得甲公司股權的計稅基礎應以被收購股權的原有計稅基礎1000萬元確定。根據《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）規定，甲公司取得M公司80％的股權也應以被收購股權的原有計稅基礎1000萬元確定，顯然，違背了改組稅收政策的中性原則。乙公司的納稅義務不變，只不過納稅義務得到遞延，而甲公司選擇特殊重組反而將取得股權的計稅基礎由6000萬元變為1000萬元，未來轉讓或處置股權時必然會多納企業所得稅。

第二，收購方以其控股公司的股權作為對價收購目標公司的股權，其實質是股權置換行為，即收購方用控股公司的全部或部分股權與轉讓方持有的目標公司的股權相交換。

例如，甲公司以其持有的M公司85％的股權（計稅基礎1000萬元，公允價值6000萬元）作為對價，收購乙公司持有的N公司80％的股權（計稅基礎5500萬元，公允價值6000萬元）。因符合特殊重組條件，乙公司暫不確認股權轉讓所得，乙公司取得M公司股權的計稅基礎按5500萬元確定。根據《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）的規定，甲公司取得N公司股權的計稅基礎也應以被收購股權的原有計稅基礎5500萬元確定。

 如果以乙公司作為收購方，甲公司作為被收購方，就會得到相反的結果。甲公司不確認股權轉讓所得，甲公司取得N公司股權的計稅基礎按照1000萬元確定，根據《財政部、國家稅務總局關于企業重組業務企業所得稅處理若干問題的通知》（財稅[2009]59號）的規定，乙公司取得M公司股權的計稅基礎按照被收購股權（M公司85%）的原有計稅基礎1000萬元確定。

 同一個案例，從不同的角度居然出現兩個完全不同的結果，顯然不合理。在股權置換適用特殊重組政策時，股權置換的雙方取得股權的計稅基礎只能以換出股權的計稅基礎替代，才不至于導致特殊重組與一般重組產生的結果不一致。