稽查工作共有四個環(huán)節(jié)：選案→實施稽查→審理→執(zhí)行 

  一、選案：主要由選案部門負責。具體方法有：人工選案、計算機選案、舉報、其他（轉辦、上級交辦）等。
   人工選案的基本方法是抽樣。實施抽樣又分為隨機抽樣和非隨機抽樣。在實行抽查選案時，一般都采用隨機抽樣法，它是按照概率規(guī)律抽取稽查對象的一種方法。

   計算機選案的指標主要有以下幾個方面：分行業(yè)生產(chǎn)經(jīng)營指標平均增長值分析、分行業(yè)財務比率分析、企業(yè)常用財務指標分析、流轉稅類選案分析、企業(yè)所得稅稅前限制列支項目指標分析、進出口稅收指標分析、稅收管理指標分析等。

   舉報是稅務機關發(fā)現(xiàn)案源最多的一種途徑。

   其他選案方法指：轉辦、交辦等。

二、實施稽查：由稅務稽查部門實施具體稅務稽查，并就檢查情況作出稽查報告； 
  稅務稽查實施階段是稅務稽查工作的核心和關鍵環(huán)節(jié)。稅務稽查必須依照法律規(guī)定權限實施。稅務稽查人員在實施稽查之前，除另有規(guī)定之外，應當提前以書面形式通知被查對象，向被查對象下達《稅務稽查通知書》，并由收件人填寫送達回證。稅務人員在實施稅務稽查時可以根據(jù)需要和法定程序采取詢問、調(diào)取賬簿資料、實地稽查、賬外調(diào)查和異地協(xié)查等方式進行。稅務稽查人員在稅務查賬時，應在《稅務稽查底稿》上逐筆如實紀錄稽查中發(fā)現(xiàn)的問題及所涉及的賬戶、記賬憑證、金額等細節(jié)，全面反映此項稽查工作的情況。稅務稽查實施終結，稅務稽查人員應當認真整理檢查資料，歸集相關證據(jù)，計算補退稅款，分析檢查結果，提出處理意見，并根據(jù)立案查處、未經(jīng)立案查處以及稽查中發(fā)現(xiàn)的問題等不同情況，決定實行一般工作程序或簡易工作程序，并分別制作《稅務稽查報告》、《稅務處理決定書》或《稅務稽查結論》。

三、審理：由審理部門對案件進行審理，重大案件提請上一級稅務機關重大案件審理委員會集體審議，下達稅務處理決定書、稅務行政處罰決定書； 
   稅務稽查審理，是稅務稽查機構對其立案查處的各類稅務違法案件在實施稽查完畢的基礎上，由專門組織或人員核準案件實施、審查鑒別證據(jù)、分析認定案件性質，制作《審理報告》和《稅務處理決定書》或《稅務稽查結論》的活動過程。  

   稅務稽查審理主要包括：1.違法事實是否清楚、證據(jù)是否確鑿、數(shù)據(jù)是否準確、資料是否齊全。2.適用稅收法律、法規(guī)、規(guī)章是否合法。3.是否符合法定程序。4.擬定的處理意見是否得當。

   審理終結的處理有以下幾種處理方法：1.同意《稅務稽查報告》、2.補正《稅務稽查報告》、3.不同意《稅務稽查報告》、4.構成犯罪案件的處理—-移送。

對稅收違法行為的處罰應根據(jù)<稅收征管法>及其實施細則以及<發(fā)票管理辦法>的規(guī)定處理。

四、執(zhí)行：主要由執(zhí)行部門負責組織稅款、滯納金及罰款入庫,并制作執(zhí)行報告

    隨著稅收法制建設的不斷加強，納稅人的稅收法制觀念也在不斷提高，稅務稽查文書送達后，被查對象一般都能自動履行稅務機關做出的法律文書所規(guī)定的義務——自動辦理補報繳納。逾期不履行的，稅務機關將采取強制執(zhí)行措施。

   稅務機關對稅務違法行為處理完畢后，應制作執(zhí)行報告并交審理部門整理存檔。屬于公民舉報的案件，還應依照有關規(guī)定做好獎勵舉報人的事宜。