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基本情況
江蘇省某房地產開發企業成立于2006年4月，注冊資本22800萬元。企業成立以來，共開發了2個房地產開發項目，為某廣場和某花園。
經調查核實，某廣場項目大部分房屋已售出，未售部分已轉為自用，達到可清算條件。
案頭分析
（一）土地增值稅清算審核方面
疑點1：其他應付款中有一筆500萬元，已掛賬長達4年之久，且發生時間為取得土地的半年之內，有可能為土地款的返還。
疑點2：土地出讓合同約定該項目需承建一個農貿市場，但農貿市場的土地不出讓，政府以建造成本價格回購該農貿市場，而企業報送的土地增值稅清算資料顯示將土地成本全部平均分攤了。
疑點3：前期工程費和建筑安裝工程費可能存在偏高。該項目已售部分申報房地產開發成本為12643萬元，可測算出整個項目的房地產開發成本為15836萬元。經模型分析比較，該項目單位成本比可比項目高475元/平方米。
疑點4：企業提供的賬務資料中反映房地產開發成本中大量的裝修支出，而企業簽訂的商品房銷售合同均為出售的毛坯房，存在疑點。
疑點5：可能存在多列地下車位成本的問題。
（二）建筑業項目清算方面
疑點6：該項目料、工、費的組成和其他同期可比項目相比大約偏高20%左右。并且該項目2次通過補充協議形式申請增加開票金額，其中有一筆土建工程的563萬元的竣工決算報告、發票開具時間和付款時間均為2010年5月，而該項目在2008年底即竣工，時間上明顯異常。
疑點7：裝飾公司在提供項目清算資料時，只顯示該項目裝修支出為576萬元，但無法提供詳細的料、工、費明細清單。
舉證約談
針對上述疑問，清算審核人員對該公司財務負責人進行了約談，該負責人對以上問題進行了解釋說明：
對于疑點1，由于該項目承擔了農貿市場的建設，政府為這個項目能順利開發，做了協調工作，該鎮屬企業借款給企業解決資金問題。目前這個項目已基本結束，計劃在今年將償還該筆資金。
對于疑點2，由于土地出讓合同簽訂時約定農貿市場土地不出讓，后來由于農貿市場政府回購后需辦理房產證，如不出讓則無法操作，后來將土地改為出讓，但土地出讓金未發生變化。
對于疑點3和疑點6，該項目為企業開發的第一個項目，由于經驗不足，沒有控制好成本，增加了很多成本。部分款項在竣工后進行決算和支付，主要由于金額方面一直沒談攏，拖延了很長時間。
對于疑點4和疑點7，雖然該項目銷售的為毛坯房，但也存在公共部位的裝修，此部分為公共部位的裝修支出。
對于疑點5，該項目未建地下人防，繳納了人防異地建設費，該項目車位確實全部銷售。
實地核查
為了進一步核實約談中的各項問題，清算審核人員對該公司展開了實地核查。
對于疑點1，清算審核人員約談了和企業發生往來的某鎮屬企業財務負責人。該負責人稱由于該企業承擔了農貿市場的建設，500萬元是政府給企業的補償款，當時鎮政府通過下屬公司支付給該企業。最終，企業認可取得土地使用權所支付的金額應納稅調減500萬元。
對于疑點2，農貿市場分攤土地成本的問題，企業請國土房產局出具了相關證明，證明了實際情況與簽訂的土地出讓合同有不一致，當時土地實際已出讓給企業，并且辦理了土地使用證，由于其幫政府承建了農貿市場，土地出讓金未另外增加。
對于疑點3和疑點6，清算審核人員分別對該總包方和出具決算報告的造價事務所作了詢問筆錄，最終確認563萬元為另一項目某花園發生的工程款。前期工程費和建筑安裝工程費共納稅調減563萬元。
對于疑點4和疑點7，清算審核人員發現在建筑業項目登記系統中，該企業與該裝修公司共登記有2份合同，一份合同金額為180萬元，登記的項目名稱為某廣場裝修；另一份金額為400萬元，登記的項目為某賓館裝修。清算審核人員調取了當時的項目登記資料，核實了180萬元的裝修合同為該項目公共部位裝修支出，400萬元的裝修合同為某賓館裝修支出。最終，企業承認某賓館的裝修支出最終決算價為420萬元，應在建筑安裝費中予以納稅調減。
對于疑點5，清算審核人員最終確認只有82個地下車位，但發現有39個車位整體賣給南方賓館，一般車位出售價格為8萬元/個，而賣給賓館才4萬元/個，該賓館和企業實質是同一控股人，其裝修支出也由企業承擔。銷售39個車位屬于關聯交易，價格明顯偏低，應予以調增收入156萬元。
評估處理
經過以上調整后，清算審核人員作出初步審核結論：該項目共調增收入156萬元，調減土地成本500萬元，調減房地產開發成本983萬元。調整后收入總額31990萬元，扣除項目合計共26188萬元，其中土地成本7150萬元，房地產開發成本11660萬元，房地產開發費用1881萬元，房地產轉讓相關稅金1735萬元，財政部規定的其他扣除項目3762萬元，增值額5802萬元，增值額與扣除項目之比為22.16%，應繳納土地增值稅1741萬元，已繳納562萬元，應補繳1179萬元，稅負率為5.44%。
