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在稅務稽查工作諸環節中，調查取證是稽查工作的一項關鍵工作，準確、合法地取證，對于稅務機關正確行使稅務行政處罰權以及行政復議、行政訴訟案件的舉證工作十分關鍵。在稅務稽查取證方面應著重抓好如下幾個環節。
一、調查取證的時間要符合法定程序
《行政訴訟法》第三十三條規定，在訴訟過程中，被告不得自行向原告和證人收集證據。《行政復議法》第二十四條規定，在行政復議過程中，被申請人不得自行向申請人和其他有關組織或者個人收集證據。根據法律的規定，稅務案件調查取證的時間應該是在稅務機關下達《稅務檢查通知書》之后，稅務機關作出稅務處理決定和稅務行政處罰決定之前（納稅人或當事人提出行政復議或者行政訴訟之前）。如稅務機關沒有正式下達《稅務檢查通知書》之前，在當事人不知情的情況下取證是屬于偵察取證，而偵查取證的權力國家賦予公安機關、檢察機關，稅務機關無此權力，也不符合《稅收征管法》第五十九條的規定。在作出稅務處理決定或稅務行政處決定以后收取的證據，不符合《行政訴訟法》若干問題解釋第三十條的規定。
二、調查取證的方式要得當
《稅收征管法》第五十八條只授權稅務機關調查稅務違法案件時，對案件有關的情況和資料可以記錄、錄音、錄像、照相和復制。最高人民法院關于執行《行政訴訟法》若干問題的解釋（法釋［2000］8號）第三十條規定，被告及其訴訟代理人在作出具體行政行為后自行收集的證據，被告嚴重違反法定程序收集的其他證據不作為認定被訴具體行政行為的根據。國家法律、法規沒有規定行政主體可以作為的，行政機關不能實施，若實施了就是違法，違法取得的證據當然無效。稅務機關有權就法律授權的檢查項目和范圍進行檢查。例如稅務機關發現納稅人有重大涉稅犯罪嫌疑的情況下，對納稅人涉稅案件有關的場所進行檢查，而不能對其住所進行檢查，也不能在沒有征得當事人同意的情況下強行檢查。例如在納稅人、當事人不配合的情況下，稅務稽查機關強行打開保管賬簿、憑證資料、商品貨物的櫥柜、倉庫進行納稅檢查屬于強行搜查行為，這種行為就是法律法規未授權的行為屬違法行為。例如《稅收征管法》第五十四條規定，稅務機關可以到碼頭、車站、機場、郵政企業及其分支機構檢查納稅人托運、郵寄應納稅商品、貨物或者其他財產的有關單據、憑證和有關資料，而不能擅自開箱、開包檢查。因此，稅務檢查人員調查取證的方式只能是法律、法規有授權的，而采取法律、法規授權以外的方式取得的證據是無效的。
三、調查取證所獲資料要保密
《稅收征管法實施細則》第五條規定，《稅收征管法》第八條所稱為納稅人、扣繳義務人保密的情況，是指納稅人、扣繳義務人的商業秘密及個人隱私。納稅人、扣繳義務人的稅收違法行為不屬于保密范圍。《稅收征管法》第五十四條規定，稅務機關查詢所獲的資料，不得用于稅收以外的用途。根據《稅收征管法》的規定，稽查調查取證的證據要做到事實清楚、證據確鑿、數據準確，不得涉及當事人的商業秘密和個人隱私。否則行政復議機關和司法機關不予法律上的支持。
四、調查取證的證據資料來源要合法
《稅收征管法》第五十四條的規定，稽查調查取證的來源可分為外部證據和內部證據兩種。外部證據是指涉稅案件當事人的財務會計核算資料、與生產經營活動相關的合同協議、中介機構取得的評估報告、現場勘察筆錄、證人證言、納稅人自述材料、詢問筆錄、稅務稽查底稿、原始單據復印件等等。稅務機關對這些證據的取得必須做到內容真實、數字準確，證據資料必須由當事人蓋章簽字，不能取得原件的，可以照相、影印和復制，要注明原件的保存單位（人）和出處，由原件保存單位和個人簽注“與原件核對無誤”字樣，并簽章或押印。內部證據是指在稅務機關內部取得的與納稅人、涉稅案件當事人有關聯的證據資料。包括納稅人的納稅申報表、減稅免稅批文、延期繳稅審批表、財務會計核算報表、稅款繳納登記表、領購使用結存發票登記臺賬等。舉報材料、納稅人通過新聞媒體向外界公布的生產經營活動的數據，不能作為稽查工作的證據資料。
